1940 m. atidundėję sovietų tankai pradėjo ilgus dešimtmečius užsitęsusias okupacijas. Rugpjūčio pradžioje mitingais, dainomis ir liaudies vaikštynėmis buvo pažymėtos Lietuvos valstybingumo laidotuvės – Lietuvos priėmimas į tarybų socialistinių respublikų šeima. Atėjo nežinomybės pilni 1940 – 41- ieji mokslo metai. Švietimo organizatoriai aktyviai ėmėsi pertvarkyti mokyklos veiklą “naujų reikalavimų“, išdėstytų 1940m. rugpjūčio 14 – 15 d. Kaune vykusiame suvažiavime, šviesoje.
1940 m. rugpjūčio 31 d. Švietimo liaudies komisariatas paskelbė nurodymą visose mokyklose panaikinti maldą ir pakeisti atributiką. Mokyklų patalpas nurodyta papuošti Lietuvos TSR herbu ir V. Lenino bei J. Stalino portretais. “Iš seno palikimo“ rekomenduota naudoti tik V. Kudirkos, J. Basanavičiaus, J. Janonio ir V. Krevės portretus. Nepriklausomos Lietuvos himnas pakeistas Internacionalu.
Naujieji mokslo metai mokyklose prasidėjo rugsėjo 16 d. Švietimo Liaudies Komisariatas paaiškino, kodėl nukelta mokslo metų pradžia: “Daug bus pasikeitimų mokyklų vadovybių bei mokytojų sąstate. Neapgalvotas skubėjimas gali atnešti maišaties. Reikia laiko būtinoms švietimo reformoms, tinkamam pasiruošimui, kad socialistinės mokyklos mokymo bei auklėjimo darbas jau iš pat pradžių būtų pastatytas į tinkamą vagą“. Mokytojai buvo perspėti: “Kiekvienas mokytojas turi suprasti, kad neįsijungęs į bendrą darbą, atitolęs nuo darbo masių, negalės būti nuoširdžiu socialistinės mokyklos mokytojų“.
Permainos neaplenkė i Anykščių vidurinės mokyklos. 1940 m. rugpjūčio 21 d. iš direktoriaus pareigų buvo atleistas Tomas Glodas. Jo vietoje paskirtas Silvestras Bortkevičius. Atvyko naujieji mokytojai: Zenonas Baltušauskas (rusų k.), Magdalena Gudaitytė (biologija, chemija, fizika), Juozas Eidukas (matematika), Bronius Juška (istorija), Stefanija Čegienė (piešimas ir darbeliai), Alisa Liudvigienė (vokiečių ir prancūzų kalba), Edmundas Dirgintas (lietuvių kalba).
1940 – 41 m. mokykloje buvo 7 klasės. Mokėsi 270 mokinių, 5a – 39, 5b – 37, 5c – 40, 6a – 40, 6b – 37, 7 – 50, 8 – 27 mokiniai.
Iš dalies buvo pakeistos mokymo programos, įvesti nauji dalykai: TSRS istorija, TSRS Konstitucija, darvinizmo pagrindai, rusų kalba.
1940 m. spalio 15 d. pradėta organizuoti pionierių ir komjaunuolių veiklą. I mokyklą buvo atvykusi apskrities komjaunimo organizacijos įgaliotinė Ch. Ševachaitė. Vadovauti pionieriams ir komjaunuoliams buvo paversta mokytojai O. Kupstienei. Mokiniai neskubėjo stoti į šias nežinomas organizacijas, neleido ir tėvai.
Mokyklos direktorius turėjo nuolat pranešinėti Švietimo Liaudies Komisariatui apie mokyklos darbo nuotaiką, pionierių ir komjaunuolių veiklą. 1941 m. vasario mėn. direktorius S. Bortkevičius pateikia ataskaitą: 
„Mokinių ir mokytojų nuotaika gera. Darbo rezultatai pasiekti geri.
Pionieriai ir komjaunuoliai turėjo du susirinkimus, kur buvo aptarta veikla, pasmerkti apsileidėliai. Suorganizuotas politinio lavinimosi ratelis. Pionierių yra 14. Jie leidžia laikrašti „Pionierių tiesa“ . Komjaunuolių yra 7. Jų laikraštis – „Naujuoju keliu“.
Mokytojai aktyviai dalyvauja priešrinkiminėje propagandoje.
Sausio 21 d. po trijų pamokų buvo V. Lenino mirties paminėjimas. Mokytojas B. Dirgintas skaitė paskaitą apie V. Lenino gyvenimą ir darbus. Dainavo mokyklos choras.“
Kita užklasinė veikla mokykloje buvo pamiršta. Veikė tik vienas literatūros būrelis, kuriam vadovavo mokytojas E. Dirgintas.