Papūtus atgimimo vėjams Lietuvoje, neliko nuošaly ir Jono Biliūno vidurinė mokykla. Pirmieji Sąjūdžio mitingai, pirmą kartą Anykščiuose suplevėsavusi Trispalvė, iškilmingas vėliavų šventinimas bažnyčioje, viešos eitynės ir Atgimimo dainos sprogdinte sprogdino uždarą mokyklos gyvenimą ir skatino atsiverti naujoms idėjoms, atsigręžti į tautines vertybes. Tuo labiau, kad pirmose sąjūdininkų gretose regėjai daug buvusių ir esamų mokyklos auklėtinių bei mokytojų veidų.

Kūrėsi ir Mokytojų sąjūdis, pasiryžęs atnaujinti sustabarėjusią ir ideologizuotą švietimo sistemą. Aktyviai dalyvauja pirmuose Lietuvos Mokytojų sąjūdžio suvažiavimuose, konferencijose I. Andrukaitienė, V. Bražėnas. Atgimimas pakėlė darbui daugelį protingų, dorų mokytojų, tačiau netrukus jų iniciatyvą pakirto totalinė mokyklų ir mokytojų kritika, nušlavusi jų viso gyvenimo darbą kaip beprasmį ir žalingą, nors visi puikiai žinojo, kad sovietinėje švietimo sistemoje ne jie muziką užsakinėjo.

Atrodė skaudžiai neteisinga, kad tie, kurie prirašė kalnus knygų apie tarybinį patriotizmą, kepė disertacijas ar kūrė mokyklai programas ir vadovėlius, šlovinančius socializmo pranašumus, vėl susėdo Seime, ministerijose bei savivaldybėse ir ėmėsi teisti kitus, atpirkimo ožiu paversdami mokytoją.

Atsipeikėjimo ir vertybių perkainojimo procesas buvo ilgesnis nei laukta ir gerokai skausmingesnis.

Tuo metu mokyklose gimė labai populiarios diskusijos „prie apvalaus stalo“, kai aktų salėje arba mokytojų kambaryje susėsdavo mokytojų, mokinių ir tėvų grupės, labiausiai suinteresuotos mokyklos gyvenimo kaita, ir diskutuodavo apie tarpusavio santykių demokratizavimą, savivaldos problemas, laisvę ir atsakomybę. Buvo išsakomos ne visada malonios pastabos vienas kitų adresu, tačiau priimamos geranoriškai. Po vienos panašios diskusijos 1990 m. buvo surašyta „Mokytojų ir mokinių bendravimo Deklaracija“ ir viešai paskelbta klasėse.

Intensyviai buvo ieškoma atramos Lietuvos tautinės mokyklos kūrėjų ir ideologų S. Šalkausko, A. Maceinos raštuose, studijuojamos skautų judėjimo Lietuvoje ir išeivijoje tradicijos.

Šioje idėjų, ginčų ir nuotaikų sumaištyje kažkaip tyliai ir nepastebimai „numirė“ pirmiausia pionierių ir komjaunimo organizacijos, o vėliau ir mokytojų partinė organizacija. Įdomu, kad nė vienas iš jos narių neperėjo į persikrikštijusią LDDP. Neliko mokykloje nė profsąjungos. Jų vietoje susikūrė bendruomenės Taryba.

Mokytojams gi labiausiai rūpėjo teisė individualų metodų pasirinkimą, pasitikėjimo jais ribos, objektyvumas, vertinant jų kasdienį darbą ir įnašą į bendruomenės vertybių kūrimą.

Šioje naujų kelių ieškojimo fazėje lengvai buvo atsisakyta smulkmeniškos mokytojų veiklos priežiūros, atsirado palankesnės sąlygos mokytojui kūrybiškai rinktis darbo metodus tiek pamokose, tiek popamokinėje veikloje.

Mokiniai netrūko pasinaudoti teise apsispręsti, kur dalyvauti ir ar iš viso kur nors dalyvauti. Ir iš karto pasimatė, ko vertas vienas ar kitas mokytojas, ko verti vieni ar kiti mokyklos ar miesto renginiai ir sumanymai.

Pamažu mokykloje ėmė klostytis ir nauja ugdymo filosofija bei mokslinimo strategija, tiesa, šiame etape dar neįgavusi aiškių formų, bet pagrindiniai principai jau ryškėjo:

1. Pripaíndama vaiką esmine vertybe, mokykla stengiasi sudaryti sąlygas kiekvienam vaikui realizuoti save, pačiam pasirenkant ugdymosi sritis pagal gabumus ir polinkius.

2. Per kultūrinę, laisvai pasirenkamą veiklą ugdytis kultūros žmogumi t. y. ne tik perimti kultūrinį palikimą, krašto tradicijas, bet ir pratęsti jų kūrimą savyje ir aplink save.

3. Mokykla yra atvira ir bendrosioms humanitarinėms vertybėms.

Galima sakyti, kad popamokinis mokyklos gyvenimas tuomet atsisuko į tautinių tradicijų, istorinės savimonės gaivinimą. Apie tai bylojo ir sukurtas mokyklos atminimo ženklelis „Kilti ir kelti“, kuriuo apdovanojami aktyviausi bilūniečiai, einantys ir vedantys kitus dar nepramintais keliais. Kiekvieną, įeinantį į mokyklą pasitikdavo V. Kudirkos žodžiai: „Ir šviesa, ir tiesa mūs žingsnius telydi“.

Mokyklos kuriamuose scenarijuose ir statomuose spektakliuose tuo metu rado atgarsį Lietuvos ir gimtojo krašto istorijos puslapiai, nauja Jono Biliūno gyvenimo ir kūrybos interpretacija, lietuvių mitologija ir Anykščių krašto legendos. Tapo populiarūs ir Užgavėnių papročiai su teatralizuotu Morės deginimu, blynais ir dainomis, kaukių paradais ir kt.

Humanitarinėje mokykloje pagrindinis dėmesys, suprantama, nukrypo į gimtąją kalbą ir jos vietą, ugdant tautinę savimonę. Negalima teigti, kad ir anksčiau gimtoji kalba Jono Biliūno vidurinėje mokykloje būtų buvusi podukros vietoje – juk ji nuo 1968 metų buvo dėstoma sustiprintai ir visą laiką dominavo, atsilaikydama prieš oficialų rusų kalbos spaudimą. Ir sovietiniais metais vykdavo gimtosios kalbos konkursai ir šventės, etnografinės vakaronės, buvo rengiamos filologinės ekspedicijos.

Šios ekspedicijos – išimtinis reiškinys mokyklos istorijoje, turėjęs ir mokslinę vertę, ir svarbiausia ugdomąją prasmę.

Švietimo pertvarkai įsibėgėjus, atsisakyta masinių renginių, siekiama atsigręžti į vaiko sielą ir įsiklausyti, kaip ji priima gimtosios kalbos žodį, jo skambėjimą. Mokykloje gimsta „Mini popietės“ – kamerinio tipo poezijos skaitymai, vykstantys neįprastoje aplinkoje. Juose noriai dalyvaudavo profesionalūs poetai, mokytojai ir mokiniai, miesto inteligentai.

Mokyklos bendruomenei parūpo ir intensyvus užsienio kalbų mokymas, noras kuo greičiau išsiveržti iš „bekalbiškumo“ zonos, išgyvendinti menkavertiškumo kompleksą, susidūrus su naujais gyvenimo reiškiniais. Kilo idėja įvesti ir profiliuotą užsienio kalbų mokymą.

Taigi mokykloje subrendo situacija, kai stovėti kryžkelėje ir laukti toliau nebebuvo galima. Reikėjo rasti tokį kelią, kuris patenkintų mokytojų ir mokinių siekimą naujovių, ir formas, į kurias įtilptų ir besiklostanti nauja mokslinimo strategija, ir gilios humanitarinio ugdymo tradicijos, ir tai, kas ateina nauja, labiau demokratiška, kas atveria kelią laikmečio vertybėms. O visa tai padėtų kilstelti visą bendruomenę į aukštesnį lygį ir priartintų prie ateities mokyklos vizijos.

Toks kelias buvo rastas – atkurti gimnaziją. Savaime susidarė iniciatyvinė grupė, daugiausia iš humanitarų, kuri ėmėsi gilintis į atkūrimo mechanizmą, konsultuotis su jau atkurtomis gimnazijomis, aiškintis Švietimo skyriaus ir Gimnazijos tarybos poziciją, tartis su bendruomene.

Sulaukus visapusiško pritarimo, pradėtas ir atkūrimo procesas. 1993 m. kovo 23 d. direkcinės tarybos posėdyje patvirtinama gimnazijos programa, mokymo planų ir nuostatų rengimo grupė.

1993 m. balandžio 8 d. įvyko neeilinis Pedagogų tarybos posėdis, kuriame buvo apsvarstyti gimnazijos nuostatai ir mokymo planai, o balandžio 19 d. visi reikalingi dokumentai buvo pateikti Švietimo skyriui, kuris, remdamasis dar vasario mėnesį atliktos kompleksinės patikros rezultatais, pritarė mokyklos bendruomenės siekimui atkurti Anykščiuose gimnaziją.

1993 m. gegužės 27 d. Švietimo ir mokslo ministerijos kolegijos posėdyje Anykščių Jono Biliūno vidurinei mokyklai buvo suteiktas gimnazijos klasių statusas, kuris po trejų metų turėtų būti keičiamas į pilną mokyklos kaip gimnazijos statusą, jeigu bus realizuoti visi Gimnazijos koncepcijoje numatyti reikalavimai.