1944–1945 m. Anykščių krašte kuriasi pirmieji partizanų būriai. I ginkluotą kovą greitai įsijungia ir buvę mokyklos mokiniai – broliai Antanas, Bronius, Jonas Kemekliai, Jonas Pavilonis, Jurgis Urbonas, 
Vytautas Baltušis, Antanas Bagočiūnas ir kiti. O Antanas Slučka, 1942 m. eksternu išlaikęs egzaminus Anykščių gimnazijoje, organizuoja pirmųjų partizanų veiklą Troškūnų, Anykščių, Debeikių ir Viešintų valsčiuose, tampa Šarūno rinktinės, vėliau – Algimanto apygardos vadu.1948–1949 m. jis vadovauja Aukštaitijos partizanams.
1945 m. gegužės mėn. Anykščių gimnazijoje pradeda veiklą mokinių pogrindinė organizacija. Prisimena buvęs mokinys Mykolas Sprindys:
„Pamenu, tai buvo nuostabiai graži pavasario diena. Sodelyje už “sostinės“ (taip vadinamo gimnazijos pastato), einant Į “Kamčiatką“, stovėjo sena medinė pavėsinė. Didžiausios pertraukos metu susirinkom keli penktokai – aš, Azarinskas Vytautas, Dundulis Stasys, Keiba Aloyzas. Nepamenu, kuris iš mūsų iš užančio išsitraukė laikraštį, gal tik dviejų sąsiuvinio puslapių ,ir pradėjo skaityti. Užgniaužę kvapą klausėm ir dairėmės, kad kas nepamatytų. Tai buvo pogrindžio leidinėlis “Partizanų varpas“, kvietęs kovoti prieš bolševikų okupaciją, remti mišką išėjusius kovotojus, tikėti viltimi, kad Lietuva bus laisva. Skambutis pakvietė pamokai. Čia nebegirdėjau mokytojo pasakojimų, mintyse išgyvenau tai, kas įvyko, suėmė begalis noras padėti vargstančiai Lietuvai“.
Pagrindinis veiklos iniciatorius buvo Antanas Bagočiūnas, 1945 m. Balandžio mėn. Palikęs gimnazijos 6 – ają klasę ir tapęs partizanu. Jis, sutikęs mokytoją Joną Rasinską, paprašė pastarojo pagloboti patriotiškai nusiteikusius mokinius. A. Bagočiūnas dažnai kalbėjęs, kad karas dar nesibaigė, karas tik prasideda, ir Lietuva bus laisva.
Mokytojas Jonas Rasinskas, buvęs aktyvus Šaulių sąjungos dalyvis, neabejingas to meto Laisvės varpo garsų kvietimui veikti ir dirbti, tapo gimnazijos pogrindinės organizacijos vadovu. O ir pamokų metu mokytojas, nenujausdamas, koks pavojus jo laukia, atvirai pradėjo kalbėti, kad reikia ruoštis tarybų valdžios nuvertimui, kaupti ginklus.
Straipsnius į laikraščius rašė ir patys mokiniai. Prisimena buvęs J. Rasinsko auklėtinis Algirdas Čižas: „Rašinėdavau į gimnazijos sienlaikraštį. Kartą klasės draugas Eduardas Aleknavičius gimnazijos kieme (pamenu, prie šulinio) užkalbino mane, pasiūlydamas paskaityti šapirografuotą laikraštį. Po kelių tokių rezistensinės spaudos perdavimų E. Aleknavičius pasiteiravo, ar aš pats negalėčiau ko nors parašyti. Sutikau. Nepamenu, kiek, bet buvo atspausdintų ir mano patriotiškų eilėraščių, kitų korespondencijų. Vienąkart E. Aleknavičius nurodytas, nešiau savo rašinėlį mokytojui J. Rasinskui į jo butą. Būtent tada ir suvokiau, kas yra tos veiklos centrinis asmui“.

Mokyklą pasiekdavo ir partizanų štabo leidinys „Į Laimės žiburį“. Viename numeryje buvo paskelbtas atsišaukimas: „Jaunieji lietuviai, metai po po metų slenka jūsų gyvenimo dienelės, artindamos jus, gražioji Lietuvos ateitis, prie užsibrėžto tikslo – brandos atestatų! Jūsų troškimus ir siekimus pažabojo laikinai į mūsų žemę įsibrovęs baisus komunizmas... Iš mokyklų šalinama malda, kryžius, Vytis... Jaunieji lietuviai, Jums priklauso Lietuvos ateitis. Jūs privalote tęsti tėvų, brolių, auklėtojų ir prosenelių krauju ir kančiomis pradėtą žygį...“

1946m. kovo men. pogrindinė organizacija Anykščių gimnazijoje buvo likviduota, dauguma mokinių suimti. Penkeri mėnesiai kankinančių tardymų Anykščiuose, Panevėžyje, Vilniuje, ir liepos 13 d. buvo paskelbtas nuosprendis. Pagal Rusijos Federacijos Baudžiamojo Kodekso 58 - 1A straipsnį (Tėvynės išdavimas) ir 58 - 11 (grupinė veikla) mokytojas Jonas Rasinskas buvo nuteistas I0 metų, mokiniai Apolinaras Kaminskas (7kl), Stasys Dundulis (6kl.), Mykolas Sprindys (6kl.), Vytautas Azarinskas (buvęs mokinys) - 5 metams, Kazys Giedrys (7 kl.) 1 metams216. Kartu su visais buvo suimtas ir 7 klasės mokinys Kazys Šmigelskas, tačiau jam 1946 m. birželio 9 d. pavyko pabėgti iš Vilniaus kalėjimo. 1947 m rugpjūčio mėn. buvo vėl suimtas ir bausmė padidinta iki 25 metų. Prasidėjo ilgas kančių kelias Vorkutos, Intos lageriuose be teisių, be duonos, be padoraus rūbo. O ir sugrįžus į Lietuvą juos vadino “raupsuotaisiais“.
 Likvidavus mokytojo J. Rasinsko grupę, rezistencinė veikla mokykloje nenutrūko. Kai kurie mokiniai ir toliau palaikė ryšius su partizanais, teikė jiems svarbią informaciją, perduodavo vaistų, rašomojo popieriaus, platino partizanų spaudą. Vienas aktyviausių gimnazistų tarpe buvo Alojizas Keiba, artimai bendravęs su portizanais broliais Jonu, Albinu, Juliumi Griškomis, Povilu Žarskumi. Aktyviai veikė mokiniai Antanas Pakšys, Antanas Balaišis ir kiti. Rapolas Aukštuolis padirbinėjo nutarusiems legalizuoti partizanams dokumentus. 
Gimnazijoje veikė ir komjaunimo organizacija, kuriai priklausė 5 ar 6 mokiniai. Jų lyderis buvo 6kl. Mokinys Antanas Ubagevičius, vaikšiodavęs ginkluotas “Parabel“ pistoletu. Pertraukas praleisdavo mokytojų kambaryje,kur kviesdavosi mokinius ir verbuodavo į komjaunimą. Tokia komsorgo veikla partizanų, mokytojų, mokinių tarpe kėlė pasipiktinimą. Ne kartą A. Ubagevičius buvo perspėtas pertraukti komjaunuolišką veiklą. 
1947m. Gegužės pabaigoje prieš komsorgą buvo organizuotas pasikėsinimas. Naktį į jo kambarį buvo įmestos dvi granatos, viena jų sužeidė A. Ubagevičių į koją. Tris savaites jis gydėsi Utenoje.