1941 m. rugsėjo 1 d. direktoriumi buvo paskirtas Bronius Juška, kurį 1943 m. vasario 1 d. pekeitė Rapolas Šaltenis.

Vokiečių okupacijos laikotarpiu dirbo šie mokytojai: Alfonsas Ulčinas, Leonas Jovaiša, kun. Juozas Apanavičius, Stefanija Čegienė, Magdė Gudaitytė, Antanas Lazdauskas, Adomas Rušėnas, Juozas Uogintas, Stasys Stonkus, Aldona Laumelienė, Juozas Ciparis, Juozas Karosas, Jurgis Karosas, Genė Rimkaitė, Kazimieras Varnas, Juozas Vyšniauskas, Stasys Kunčinas, Bronius Staškevičius, Zigmas Leškevičius, Antanas Būga, Kostas Šumskas, Elena Zaganevičienė, Joana Marcelionytė, Elena Šakėnaitė, Talutis, Boleslovas Dilys. Iš viso pedagogų kolektyvo išsiskyrė jaunas talentingas vokiečių kalbos mokytojas L.Jovaiša, mokyklos literatų globėjas, „Meno kuopos“ steigėjas, mokinių mylimas ir gerbiamas. Vėliau jo vieton į Anykščius atvyko gabus, gyvas ir gana apsukrus Juozas Ciparis, kuris po kelių savaičių jau buvo pažįstamas su visais to meto žymiaisiais anykštėnais. Apie piešimo mokytoją Kazimierą Varną 1944 m. „Ateitis“ rašė: „Tarnaudamas kariuomenėje ir beruošdamas vieną vasaros poligoną aikštėje nulipdė generolo S. Raštikio biustą, kuriuo visi stebėjos ir net spauda rašė. Karininkų rekomenduojamas K.Varnas patenka į Kauno meno mokyklą, vėliau į – į Vilniaus dailės akademiją. Akademijai nustojus veikti, K.Varnas atsidūrė Anykščiuose ir ankštoje gimnazijos salkutėje – savo „ateljė“ – toliau tęsia savo kūrybinį darbą. Vienas jo darbų – A. Vienuolio- Žukausko bareljefas“. Vokiečių kalbos mokytojas Juozas Karosas – lakūnas, tarnavęs prestižinėje Lietuvos karo aviacijos 4-ojoje eskadrilėje. Prasidėjus Vokietijos-Sovietų Sąjungos karui Juozas su kitais lietuviais nuvyko pagal nurodymą į Sovietų Sąjungą. Buvo atsidūręs vokiečių nelaisvėje Rytprūsiuose. Sugrįžęs iš lagerio, tęsė studijas Vytauto Didžiojo universitete, o jį uždarius – pradėjo mokytojauti Anykščių gimnazijoje.
Dar 1944 m. pradžioje Nykščių valsčiuje, kaip ir kituose gretimuose valsčiuose, slaptai nuo vokiečių pradėjo kurtis Lietuvos Fronto Karinė Kęstučio organizacija. Juozui Karosui buvo pavestas ginkluoto būrio organizavimas. Jo giminaitis Jurgis Karosas, pulkininko Antano Karoso sūnus, vedė fizkultūros užsiėmimus. R.Šaltenis prisimena, kad jis buvo labai mielas ir linksmas vaikinas. Būdavo, sušukuos į kairę savo juodus plaukus, pridės panosėje trumpas šukas, išties į priekį dešinę ranką, sumauros pro nosį: „Diese politishen idioten...“ ir atrodo kaip tikrų tikriausias Hitleris.
Mokytojai turėjo tokias kategorijas: mokytojas, jaunesnysis mokytojas ir mokytojas, einąs jaunesniojo mokytojo pareigas. Mokytojų materialinė padėtis buvo gana sunki, nes už vokiškas markes nebuvo įmanoma pragyventi. Kad mokytojai neišlakstytų, tėvų komitetas, kuriam vadovavo miestelėnas Lisauskas, organizuodavo materialinę pagalbą mokytojams – tėvai sunešdavo maisto produktų (mėsos, miltų, duonos) ir išdalindavo mokytojams.