Po 1926 m. gruodžio 17 d. perversmo tautininkai, sustiprinę padėtį, nebenorėjo dalytis valdžia su Krikščionių demokratų partija. Jau 1927 m. buvo suvalstybintos kai kurių katalikiškų organizacijų išlaikomos mokyklos, suvaržyta katalikiškų organizacijų veikla. Didžiausią smūgį katalikų bažnyčiai tautininkai sudavė 1930m.,rugpjūčio 30d. įsaku uždraudę mokyklose ateitininkų organizacijos veiklą. Tai rimtai pakirto bažnyčios įtaką jaunosios kartos auklėjimui, todėl smarkiai sujudo vyskupai, dvasininkai, ateitininkų organizacijos lyderiai. Lietuvoje pasijuto itin didelė politinė įtampa.
Ne išimtis buvo ir Anykščiai. 1931 m. vasario  5d. mokyklos direktorius M. Grigonis praneša ministerijai: "Nežiūrint į tai, kad Švietimo ministerija sustabdė ateitininkų organizacijos veiklą, tikybos, istorijos bei visuomenės mokslo mokytojas kunigas kapelionas K. Mazūras mokykloje suorganizavo slaptą ateitininkų kuopelę, suagitavo į ją 14 skautų. Kuopelės organizavimas neigiamai veikia mokinius – jų tarpe prasidėjo nesantaika. Kapelionas K. Mazūras kviečiasi į kleboniją mokinius".
Mokykla privalėjo vykdyti tautininkų valdžios nurodymus. Pedagogų tarybos posėdyje buvo nutarta, kad kapeliono veikla prieštarauja Švietimo ministerijos instrukcijai. Klasių auklėtojai buvo įpareigoti paskelbti mokiniams, kad draudžiama priklausyti slaptai ateitininkų organizacijai. Švietimo ministerija įspėjo kunigą K. Mazūrą, kad šis nustotų agitavęs mokinius stoti į jo globojamą organizaciją.
Miestelis sujudo, visi užjautė persekiojamus ateitininkus. Kunigai pamokslų metu kaltino mokyklą, kad jų auklėjimas "netinkamas, bedieviškas". M. Grigonis net ministerijai pranešė: "Vadinamasis "Davatkų štabas" jau mobilizuotas mokyklai diskredituoti".
Nesantaika tarp tautininkų ir krikščionių demokratų pasireiškė įvairiomis formomis. Kaip prisimena buvę progimnazijos mokiniai S. Vaitkevičius, V. Žemaitytė, per vasario 16-ąją, rugsėjo 8-ąją ar kitas šventes, kada įvairios organizacijos eidavo į bažnyčią su savo vėliavomis, skautai vėliavą turėjo palikti gyd. A. Laskausko bute, mat jų vėliava bažnyčioje nebuvo pageidaujama.
1931 m. vasario 28 d. kunigas K. Mazūras prašo Pedagogų tarybos leisti steigti mokykloje eucharistininkų kuopą, nes tokia organizacija reikalinga mokinių religingumui sustiprinti. Kapelionas pristatė ir kuopos statutą:
  1. Kuopos tikslas – auklėti vaikus katalikybės ir tautiškumo dvasioje, žadinant jaunose sielose Dievo, Tėvynės ir artimo meilę.
  2. Uždaviniai: ugdyti garbės jausmą, drausmingumą, darbštumą, meilę tėvams, artimiesiems, savam kraštui, lavinti protą, uoliai atliekant moksleivio pareigas, pažinti religines tiesas ir uoliai atlikti religinę praktiką, lavinti asmenybę kasdieniniais gerais darbais, lavinti fizinius judesius, meniškus gebėjimus.
  3. Priemonės: paskaitos, šventės, ekskursijos, susirinkimai, bendras kuopos ir mokyklos darbas.
  4. Eucharistininkų kuopos globėjas – mokyklos kapelionas.
Pedagogų taryba nepatvirtino eucharistininkų kuopos įstatų. Mokytojų motyvacija buvo tokia: pateiktuose įstatuose daug bendra su skautų organizacijos įstatais, todėl jų registruoti negalima.
Apie mokykloje veikusių būrelių darbą duomenų yra mažai. Išlikęs archyvuose 1935–1936m. būrelių sąrašas liudija, kad tais metais mokykloje veikė:
  1. Religinio auklėjimo būrelis. Vadovas – kunigas M. Grigaliūnas.
  2. Gimtosios kalbos bei kraštotyros būrelis. Vadovas – T. Glodas.
  3. Matematikos bei šachmatų mėgėjų būrelis. Vadovas – S. Bortkevičius.
  4. Mergaičių dailės būrelis. Vadovė – A. Liudvigienė.
Direktorius T. Glodas pažymi, kad vienas svarbiausių būrelių tikslų – skatinti mokinių iniciatyvą," o ją gali parodyti tik vyresnių klasių moksleiviai, kurie susirūpinę būsimais egzaminais. Todėl šiais metai ką nors padaryti rimtesnio nebus kada".
Kelis metus mokykloje veikė Jaunųjų ūkininkų ratelis, kuriam vadovavo pradžios mokyklos vedėjas mokytojas J. Mačeika. Mokiniai namuose augindavo triušius, vištas, paršiukus ir kitus gyvūnėlius, kuriuos atsinešdavo pavasarį į mokyklą ir organizuodavo parodėlės.
Beveik visi mokiniai buvo Jaunimo Raudonojo Kryžiaus būrelio nariais keitėsi su kitų miestų ar net valstybių Raudonojo Kryžiaus būreliais, albumais, dovanėlėmis. Amerikoje gyvenančiam buvusiam progimnazijos mokiniui R. Baranikui išliko atmintyje tokai būrelio veikla:
"Per Raudonąjį Kryžių prieš Kalėdas pasikeisdavome dovanėlėmis su kokio nors Amerikos miesto mokyklos mokiniais. Mes dažniausiai siųsdavome per rankdarbių pamokas iš faneros išpjautus darbelius, o tie, kurie gražiai piešė – piešinius. Atsimenu, nusiunčiau nupieštą ir įrėmintą Vytauto Didžiojo portretą. Dabar galiu įsivaizduoti, kaip buvo nusivylęs mokinys Čikagoje, gavęs nepažįstamo žmogaus portretą. Buvau nusivylęs ir aš, nes gavau kažkokį medinį rutuliuką, apvyniotą šniūreliu. Niekas nesuprato, kad čia per daiktas. Tik mokytoja išaiškino, kad tai tuo laiku Amerikoje buvęs populiarus žaislas jo-jo".
1935 m. mokiniai Raudonąjam Kryžiui pasiuntė tris albumus – "Mūsų tautos vado garbei", "Mūsų pajūrys", "Gražioji Lietuva" ir apie 150 darbelių.