1941 m. Švietimo valdybos parengtas aplinkraštis visoms mokykloms nurodė, kad ypatingas dėmesys turi būti sutelktas į drausmę ir tvarką: „Naujoji mokykla turi griežtai pakeisti savo vidaus struktūrą. Mokykla turi veikti mokinius drausminamai. Drausmei ugdyti gera priemonė yra rikiuotė ir gimnastika. Mokiniai rikiuotėje turi pasirodyti žvalūs, drąsūs ir drausmingi. Jų judesiai ir žingsniai – griežti ir darnūs. Kiekvienas mokinys turi būt išugdytas valinga asmenybe. Taigi mažiau žaidimų ir palaido sporto, o daugiau drausmingų ir koordinuotų judesių.“ Į klases vėl buvo sunešti kryžiai, prieš pamokas mokiniai vėl kalbėjo maldą, prašydami Dievo, kad suteiktų stiprybės ir valios visai darbo dienai, kad laimėtų mūsų Tėvynė.
1941–1942 m. mokyklą lankė 373 mokiniai. Iš jų – 49 smulkių ūkininkų (iki 10 ha žemės) vaikai, 6 stambių ūkininkų (virš 10 ha žemės), 31 miesto darbininkų vaikas, 32 amatininkų ir prekybininkų, 23 tarnautojų vaikai, likusieji – kitokios kilmės. 1941–1942 m. buvo 5 klasių mokymas. Kai kurio klasės buvo paralelės (iš viso jų buvo 10). 1943–1944 m. mokinių žymiai padaugėjo. Dabar mokėsi 533 mokiniai (256 berniukai ir 277 mergaitės). Už mokslą reikėjo mokėti vadinamus mokslapinigius. Turėdavo mokiniai dar primokėti kažkiek pinigų už mokyklos remontą. Nuo mokslo mokesčių buvo atleisti tik labai gero elgesio ir pažangumo mokiniai. 1941–1942 m. tokių buvo 56. 1943 m., padaugėjus mokinių, buvo atidarytos naujos VI – VII ir VIII klasės. Tais metais mokykloje jau veikė 13 klasių. 
Daug lietuvių mokinių jau pirmosiomis vokiečių okupacijos dienomis pasigedo suolo draugų – žydų, kurių dauguma buvo geri, protingi ir tvarkingi mokiniai. Kas pasakys, kiek jų buvo sušaudyta Anykščiuos?.